実際のフォームを見てみないと詳しいことは分かりませんが、ご相談内容から察するに、次のようなことが考えられます。
肩をかばって投球すると「首が投げる腕の方に傾いている」現象が見られます。したがって、現在肩を痛めているか、かつて肩を痛めているときに投球していたときの癖が残っている可能性があります。
今もプレー中に痛みがあるようであれば、まずは治療に専念してください。癖であれば、次のようなドリルを実施することで、正しいフォームにすることができると思いますので、お試しいただければと思います。

・両膝つきスロー
【目的】投球時の上半身・腕の正しい使い方を覚える
【方法】両膝をついてキャッチボールをします。
【ポイント】




・片膝つきスロー
【目的】投球時の上半身の使い方、両腕のバランスを覚える
【方法】両膝つきスローの体勢からグラブ側の膝を立てた状態でキャッチボールをします。
【ポイント】